Os impostos extorsivos, o baixo soldo dos militares e o preço fixo para os produtos que exportavam (açúcar, algodão, fumo, couro) foram alguns dos principais motivos que levaram os baianos a, não mais concordando com a condição de colônia, se sublevarem em 1798, pouco antes da transferência da sede do império colonial português para o Rio de Janeiro.

Mesmo depois dessa transferência, Salvador continuou a ser influente centro político, onde grupos de patriotas, civis e militares lutaram para separar o Brasil de Portugal.