Criado pelo Príncipe regente D.João, por alvará de 12 de outubro de 1808, o banco iniciou suas atividades a 11 de dezembro do ano seguinte. Fundado sob inspiração do Conde de Linhares, ministro de D. João , era um instituto misto, de depósitos, desconto e emissão, dotado ainda do privilégio da venda de produtos de que a Coroa tinha monopólio: pau-brasil, diamantes, marfim e urzela.

A partir do decreto n.º 1.455, de 30 de dezembro de 1905, tornou-se entidade de economia mista, personalidade jurídica até hoje conservada.